長岡藩の軍事編成の特徴は、小銃隊を基本とした組織にあるが、これは同盟軍（東軍）には珍しいと思われる。
指揮系統は、軍事総督―大隊長―軍事掛―銃士隊長・銃卒隊長（銃士隊・銃卒隊、各四個小隊）となっている。
・ 身分により、銃士隊（士分）と銃卒隊（足軽以下）に分かれて小隊を編成し、戦闘の際は銃士・銃卒の二個小隊で戦うことが多かったようである。二個小隊での指揮は、銃士隊長が執った。四個小隊で戦闘する場合の指揮官は軍事掛、八個小隊での場合は大隊長。
・ 銃士隊は、隊長・小令・半令（以上、指揮官）各1名、嚮導（先行偵察兵）2名、鼓者（15～16歳の少年）1～2名、銃士32名前後からなり、弾薬方、営造方が若干名いた。
・ 銃卒隊は、隊長（士分）1名、小令・半令（いずれも以前の足軽組頭）各1名、銃卒（足軽、中間、町同心など）35名前後、弾薬方、営造方が若干名。
・ 軍装は、筒袖の洋服（黒羅紗）に段袋（ズボン）の洋装。槍隊（安田多膳隊）は烏帽子、鉢金、具足腹巻などを着けて出陣したという。
藩印は、「五間梯子」
・ 長岡藩の銃砲の備えは、東軍の中では秀でていたとみられる。ガトリング砲を二門所有していたのは有名で、慶応3年12月18日には、当時既に藩の実権を握っていた河井継之助が藩士に一挺ずつ行き渡るようミニエー銃を貸与している。『戊辰戦争とガトリング砲』（内山弘著）によると、長岡藩で購入したのはエンフィールド銃ではないかとのことで、同著者は北越戊辰戦争時にはこのエンフィールド銃を元込め式にしたスナイドル銃も長岡藩で使用された形跡がある、と書かれている。
閏4月26日、27日に出陣した長岡藩兵の編成
